王大臣案是原本历史上有名的迷案，也是后世历史学家投入不少精力研究的明代迷案之一。案情很简单：今年正月十九日，未被穿越的小皇帝按例出宫视朝。皇帝的轿子刚出乾清门，有一个男子穿着内监服饰，由西阶直驱而下被禁卫抓获。经搜身，搜出刀剑各一把。初步审讯后，此人自称王大臣，是常州府武进县人，其余一概不说。当时，李太后听说此事，大为惊骇，着东厂究问。
东厂查了几天，审出此人本名章龙，是总兵戚继光处的逃兵。冯保报与张居正，说王大臣说出主使者乃是高拱。（当时高拱已败，令归籍闲住，却尚未离京），张居正于正月二十二奏请皇帝（当时是李太后代言），并代拟旨彻查主使者。结果闹得京师官场沸沸扬扬，京官普遍认为，这是张居正和冯保的阴谋，欲致高拱于死地。后来，在杨博、葛守礼为代表的京官、科道强烈反弹下，张居正又改变了主意，奏请朱希孝与葛守礼、冯保分别代表锦衣卫、都察院和东厂一起会审此案。
审了一个多月（朱翊钧穿越后一直关注），前几日张居正有奏报说，不宜深究——和正月二十二的说辞完全不同。朱翊钧本来无法干预，但几天来母子亲情也刷到ax，取得了参政权，今日得了机会，就直接问审案当事人朱希孝。
朱翊钧后世看史料时，对此有两点疑问：一是此人是否为冯保所派？二是张居正是事先知情，还是事中知情并顺水推舟欲杀高拱？今天却要得到一个答案了。这个答案非同小可，如果是冯保所派，朱翊钧就必须要马上驱逐冯保，因为他过于危险；如果是张居正事先知情，那朱翊钧要对张居正重新认识，未必敢将大政尽数托付，以免被其所欺，如果是事中知情并顺水推舟，那还可以敲打一下，挽救使用。
锦衣卫左都督朱希孝在此期间，一直会同都察院左都御史葛守礼、东厂冯保一起审理此案，悉知内里，朱翊钧问话时，有一种回到历史解开谜底的快乐，却不足为外人道了。
朱希孝此时心中暗暗叫苦，他的确详知内里，但如何敢得罪当朝？他自小接受正统的贵族教育，堂堂正正的工作没问题，但应对之间却缺乏那种灵机应变的劲儿。如今见皇帝问到，支支吾吾的满头大汗，却说不出话来。
朱翊钧见他支吾，心中不满。心说自己又打又拉又是写字的，莫不成是俏媚眼做给瞎子看了？森然道：“汝欲保首领乎？！”这句问话两个意思，一个是字面上意思，问他还要脑袋吗？另一个意思却是，你上头还有首领吗？你要保谁？
朱希孝脑袋一激灵，猛然回味过来。“插，我老朱现在还怕谁啊？！”皇帝今天唱作俱佳，大用锦衣卫的心思昭然，自己还有什么好犹豫的？
“臣不敢，此案甚是驳杂，臣只是想如何说起罢了。”朱希孝猛地跪地接话道：“臣接圣旨后，会同左都御史葛守礼、司礼监掌印兼东厂提督冯保会审此案，会审前，臣找人秘密提审王大臣，问他来自何处。王大臣答：‘来自冯保家，行刺主使为高拱的话，是冯保教的。’”李太后在屏风后听了，天旋地转。
听朱希孝又说：“提审时，臣等依杨天官（吏部尚书杨博，吏部尚书尊称天官）出的主意，对照王大臣此前的口供，将高拱家人李宝、高本、高来混杂在众人之中，让王大臣辨认，王大臣却辨认不出——可见其说高拱指使乃诬也。”
朱翊钧听了，问道：“问了什么？”朱希孝回奏道：“臣问王大臣刀剑何来，王大臣答：‘冯家奴辛儒所给。’”