因廷鞫时间较长，本来安排的蓟镇和京营火器、车营作战演示未阅而罢。朱翊钧杀人立威后，大驾返城。陪同众臣在回去的路上，基本都想明白了此次大阅为什么没有外藩使者一起观阅。
朱翊钧回宫后，将大阅情形细细的跟李太后讲了一遍。李太后听了，心中怦怦乱跳。
朱翊钧今日之措置，已经远超她治政能力的极限，她也分析不出来对还是不对。最后只能道：“皇帝既然和张先生早有筹划，却做的甚好。此后办事还是要多和张老先生商量。”朱翊钧答应了。
此事之后，李太后一般不在朝政问题上发言，只有朱翊钧追问时，才说说自己的看法，语气都怯生生的。朱翊钧判断，帝位已稳，或可稍微破点小格。
返宫第二天，朱翊钧即传旨兵部和顺天府，配合南海子驻扎的戚继光点选京营之兵，凡戚继光挑中的，留下。未挑中的，一律发路费遣返各卫所。
经戚继光带领蓟镇军官点选，六万六千京营兵，仅八千符合要求，其余五万六千兵尽数让兵部和顺天府安置。
顺天府尹施笃臣磨不过戚继光，无奈上奏疏道：“臣承旨供给京营，配合戚继光点选兵士，并不畏难。然京营之兵来自京畿、北直隶等各处卫所，远的也有辽东等处。臣查兵部选簿，人名不符者十之五六，多为不事生产者。若不分良莠，尽数返卫臣恐各卫所依前占护，有生乱召危之忧。”等等。
张居正接了奏疏，也是头大。京营这些年从各处卫所抽兵，根本敌不过各卫都司和千户或明或暗的抵制，再加上自身有意吃空饷——选簿和人对不上的情况竟占了一半，都是从京畿附近自己召的兵，为了校阅或者装样子。
这些人若按选簿所记，打发到卫所，卫所根本不会接，因为在选薄上的兵都在给千户家种地呢，根本没离开。这些仅仅顶着名字的闲汉去了，哪个理他？时间一长，必生变乱。
若不打发去卫所，这三万多闲汉放到京畿地面，去年的严打成果立即化为乌有。张居正跟吕调阳商量半天，想出两个办法：一是出一笔耕牛种子钱，把他们连家带口打发到边镇垦荒；二是直接分到工部或内府，让他们修建道路或者务工。
两件事都要请旨，张居正就奏请朱翊钧圣裁。朱翊钧览奏后，批到：“如议办理，若仍有安排不了的，都到京畿皇庄和皇厂安置。”
朱翊钧说是有安排不了的他再接，但特权哪能不用？同时嘱咐了司礼监和张鲸等人，先去南海子挑人。有那能种地的，选到皇庄开荒种地；不会庄稼把式的，挑身强力壮的到张鲸处务工。张鲸掌管的“大明内府集团有限公司”，过了年就开始扩大生产，不但消化了不少内廷闲人，还挺缺人手呢。
张居正见朱翊钧拿出皇庄的地安置京营兵，对吕调阳叹道：“皇上真英明之主也！”吕调阳想起前几代皇帝的做派，对比朱翊钧一年来的励精图治，也觉得这一届的皇帝还行。
结果等皇庄和张鲸选完了人，三万多人剩下的居然不到一半，这事就好办多了。而张居正对皇厂吸纳人口的能力大吃一惊，对朱翊钧开办皇厂的抵触之心又低了低。
待戚继光在南海子操练了几日，朱翊钧叫了他再次觐见。同时把张居正和谭纶、英国公、司礼监张宏、御马监张鲸等人喊到武英殿，一起研究京营复建之事。
张居正的意思是仍将京营置于五军都督府之下，要从边将和外地卫所中武职选择可用的，并令兵部广询博访，不拘资格，但有才勇可取者、疏名具奏。然后以此为骨干，再建京营。