尽管朱翊钧在舆论造势等方面已经到达登峰造极的地步，但他自己万万没想到索南嘉措给他来了这么一手——确实，这薛禅汗转世之说并非他安排的。
朱翊钧所不知道的是，原时空的索南嘉措也玩过这一手，但不是说万历帝是忽必烈转世，而是说俺答汗是其转世并宣之于蒙古诸部。
俺答汗受此加持，从黄金血脉的旁支一下子进阶，在草原的政治地位如同铁桶一般牢固。索南嘉措也借助于他对俺答汗的影响力，助力明廷维护草原上的和平，并因此获得两族民众的衷心爱戴。
因为他对民族团结的贡献，在后世评价颇高，认为他给其后的达赖喇嘛树立了光辉的榜样，是一个智慧圆融，通达世情的智者，藏传佛教历史上灯塔一般人物。
实际上，索南嘉措所在的格鲁派，在草原上的影响很大，但在此时的藏地，处境非常艰难，被噶玛噶举教派打压的几无生存之地。[注1]
而格鲁教派在草原上的壮大，与力主俺答封贡的老顺义王俺答汗支持分不开。公正的说，顺义王也是雄才显于当世的英雄。
万历二年时，出于增持自身统治合法性的考虑，他诚邀在藏地难以施展的格鲁教派第三世索南嘉措到青海与他讲解佛法。索南嘉措敏锐的抓住了这次机会，克服了重重阻力，到万历五年时终于到达青海，与俺答汗见了面。
双方交谈时，俺达汗“不经意”的谈及八思巴和忽必烈的友谊。
原时空的索南嘉措闻弦歌而知雅意，立即说道：“我等非只今日，曾世世相会。汝为成吉思汗孙胡必赉彻辰汗时，我为萨迦班智达之侄八思巴”。”嗯，咱两个不是头回见面，你以前是忽必烈的时候，我就是八思巴呀。
但在本时空，索南嘉措做出了不一样的选择。在万历元年时，朱翊钧就已经关注到了藏传佛教问题。在时任宣大总督的王崇古请示朝廷给弘化阐教寺番僧经书度牒的奏章上，朱翊钧做了重要批示，指出因两宫崇佛，特批內帑五万，命令王崇古在边地大修梵宇，并译经书。
当时朱翊钧还指示道：“天朝一统之化，喇嘛番僧等开导虏众，易暴为良，功不在斩获之下。切切要紧，不可轻忽。”
这是他召对张居正，取得参政权之后做出的仅次于严打的重要批示，王崇古等边地总督当然高度重视——为家族子孙计，也不能给少年皇帝上眼药。而且说实话，在朱翊钧刚刚接手烂摊子的时候，五万两银子算是大手笔。
批示和银子下达后，当时的九边之地掀起了一阵修建庙宇，翻译经书的小高潮。索南嘉措敏锐的发现了形势的变化，开始处处留心朝廷的政策并对自己弟子提出了谨言的要求。他那时就有一个野望，期盼格鲁教派的大护法者在紫禁城内。
因此，在万历五年时面对俺答汗的暗示，索南嘉措回答道：“大乘法王为萨迦五祖，于六盘山见薛禅汗，成就双方无上功业。今日你我见于仰华寺，一为王上，一为僧人，未必就不能成就佛授转轮王。”
他这句回答，信息量很大，俺答汗却全部听懂了。
索南嘉措意思是说，八思巴是萨迦教派的第五代教主，和我格鲁教派源流不同，我不能硬说我是他的转世——对不上。
其次，萨迦教派在出了八思巴之前，有什么影响力呢？而八思巴数代之后，萨迦教派又重新变得势微——这说明他们的教义不行啊。
索南嘉措还表示，如果你想让我说咱两个一个是忽必烈转世，一个是八思巴。那我这边对不上，你就失去合理性了啊。但是，你可以向薛禅汗学习，