在如今对抗大明之下，看似团结，实则都是心怀鬼胎。
尤其是如今天皇的地位，正处于一个下跌的状态，在经历南北朝的战争之后，天皇的地位了，可谓是倭国有史以来，最为底下的时候。
这种情况，不仅仅是反应在天皇这边，便是连幕府将军也不能无视。
正如幕府将军无视天皇的权威一样，这时倭国社会也经常出现守护大名藐视将军，地方下层领主和武士挑战守护大名，甚至武士也不把天皇放在眼里的现象--人们称这种现象为「下克上「。
例如北朝的光严上皇出巡时碰到一个美浓的守护土歧赖远。
上皇的近臣喝道:「上皇圣驾到此，快快下马!」
土歧赖远闻听非但没有下马，反而大怒道:「你说清楚是院驾还是犬驾，若是犬驾，就射他一箭。「
说着，真的拔箭而射。
他的随从们一哄而上，把上皇车上的帘子扯掉，把车子掀翻，并把上皇身边的公卿打了一顿。
事后，土歧赖远被幕府处死，但引起下层武士更大的不满。
有人说:「如果没有天皇不行的话，就用木雕一个，或以金铸一个，把活的天皇流放到别的地方去，省得惹麻烦。「
有人哀叹道:「凤凰生末世，落魄亦堪悲;雉鸡遭野火，被逐无巢归。
这时，天皇朝廷势力式微，形同小诸侯一般。
历史上，明朝建文帝在给倭国的圣旨中，称足利义满为「倭国国王源道义「。
足利义满在致明朝皇帝的国书中也自称「倭国国王臣源「，幕府将军已成为国家最高权力的代表，足利义满自称「源道义「是因为足利氏是清河源氏的后裔，即清和天皇的嫡派子孙。
就是后来的德川幕府家也是来自清河源氏，所以幕府将军的掌权不过是天皇的彼一支代替此一支而已。
南北朝统一之后，足利义满并没有履行自己当初的诺言，即仍旧恢复大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。
南朝的皇族、公卿、将士异常愤慨，后龟山天皇也后悔不迭。
原历史中，后龟山逃出京都，再次在吉野山区建立南朝，史称后南朝。
南朝的皇室后裔和臣子们为了恢复旧业，又不断地进行了将近半个世纪的斗争。
后来曾有一伙强徒潜入皇宫，将神剑、神玺抢走，并以此拥戴南朝的皇胤反对幕府，事败后南朝皇族后代多人被杀。
后面又是一起类似事件，牵连得南朝皇族几乎灭绝。
而南朝所代表的势力，就是对大明主要侵犯的倭寇。
像是朱棣抓捕倭国细作，就是归属于南朝这边。
南北朝割据的分裂时期，就在这一时期，倭国的各诸侯之间斗争达到了白热化的阶段，相互攻伐，在这场南北斗争的过程中，南朝的封建势力开始节节战败，不得不撤离倭国本土。
其中有一部分南朝的封建主，当然还有封建主统治下的武士和浪人等也会选择离开，以此来躲避倭国本土对他们的追杀，他们就乘船来到了大明的沿海地区，他们在沿海进行走私，更有甚者烧杀抢掠。
伴随着南朝在倭国的延续，大明沿海的倭寇，不断的为南朝势力输入财富，以此作为对北朝的抵抗。
倭国的南北朝之争，并没有随着南北朝一统而结束。
而是在历史上，缠绕了几百年。
南朝的势力，从来就没有被彻底的消灭过。
有人说，北朝控制了全国大部分地方，所以是实际上的统治者，应该是正统。