慢慢的，有人认识到了蒙古人的凶残，知道不能在如此下去，不然汉人必定被杀绝，于是零星的反抗开始在中原大地上演。
只是，反抗的终究是少数人，对于那些没有危难的百姓来说，他们根本就不在乎谁当皇帝，除非大难临头，不然他们是不会反抗的。所以，在蒙古停下屠杀之策后，反抗之火瞬间被扑灭。当然，也不是所有人头停止了反抗，在江湖上，就还有很多的反元势力，其中以明教最是活跃。
明教源于波斯，最早称为摩尼教，第一代中原明教教主就是当年反宋的方腊。那时候，明教刚刚兴起就被重创，隐忍无数年。到了南宋时期，也曾再次强盛，并对抗朝廷。可惜，他们时运不济，遇上了无疑中创造出九阴真经的黄裳，再次被打败。
这一次，明教因为黄裳的原因几乎被灭教，可最后还是保留下了火种。后再次慢慢发展了起来，只是到南宋灭亡，也没有多大势力，反而因为和丐帮发生冲突，被夺走了圣火令。当初林恒听到这个消息的时候，第一时间就想要他们把圣火令拿来，研究一下上面的武功，只可惜那几个丐帮弟子笨的不可救药，竟然把如此宝物卖给了波斯商人。
对此，林恒气的要死，但也没有办法，只能不去管他。后来，他也让丐帮关注过明教的消息，只是明教行事诡异，总舵又隐藏在光明地之地，即便是消息灵通的丐帮，也很难打探到他们的消息。好在林恒也不是很上心。
不过在第三十二代教主上任后，明教突然活跃了起来，而此时也是蒙元灭宋之际。趁着这个机会，明教占领了一下地盘，并趁机提出反抗暴元的号召，吸引了很多人加入其中。
江湖上，除了明教还有几个门派跟着响亮了起来，其中最著名的就是峨嵋派。这一世的峨嵋派和小说中不太一样，因为多了一个郭破虏。对郭破虏来说，他的一生都要为反抗暴元行走，所以他和姐姐郭襄创建了峨嵋派，也提出了反抗暴元的口号，召集江湖人物，风头一时无两。
峨眉之后就是少林了。不知道为什么，少林在大宋灭亡后也出山了。说到这里林恒就不得不说了，他真的很讨厌少林这一点。在少林的历史中，除了一个十八武僧救唐王之外，根本就拿不出什么好的事迹，来展现他们属于汉人。可以说，他们就是一个墙头草，不管哪个朝代占领了天下，他们都会转过去，期间谁也不得罪。这大概也是他们可以传承如此之久的原因吧。
少林之下便是华山派。说到华山，就不得不提全真了。自从蒙古灭了终南山全真教后，全真七子进入南宋，四下传播道统，只是到如今保留下来的只有投靠了蒙古一方的全真教和另辟教门的郝大通道统华山派。
华山派和峨眉一般，都立派不久，没什么历史。可因为创建之人的关系，让他们在江湖上有很大的名声。
在华山下，还有崆峒、昆仑、丐帮以及武当派。其中崆峒、昆仑、丐帮都是久远的门派，只是之前门派并没有太利害的高手，故而不显于江湖，只是自天下大乱以来，这些门派也是弟子四出，闯下了偌大名头，其中崆峒派七伤拳更是名震江湖，让人退避三舍，而昆仑三圣何足道之名，更是让昆仑派响彻宇内。
至于丐帮，似乎没什么好说的，因为他一直就不是一个小门派。这里重点要提的就是武当派了。
武当派在这几个门派中是最小的，也是人数最少的，其创建者张君宝也是最没有名气的。可是，他却实实在在的在江湖上打出了名头，也让武