英宗即位以后，中外奏章皆委内阁签办，事务的决定全力在内阁手上，有助于皇帝减压理政。
内阁制的存在，可以说强化了明代的君主专制，毕竟从废除宰相以后，六部分理庶务，大事由尚书主持的廷议决断。
但是内阁制度形成以后，首辅依靠皇帝来指挥六部，六部的权利渐次遭到侵蚀。
由于内阁只能依附于皇帝，因此扩大内阁的权利，也是在扩大皇帝的权利。
政治其实就是循环，废相后，政治斗争持续在中外朝、皇帝与内阁、内阁与六部、皇帝与中朝等等之间交错其中。
但是作为集权体制的核心，皇帝大多是处于掌控者的角色。
直到弘治年间，庙堂上突然出现一种新的情况开始，这种局面才被打破。
弘治年间，阁臣无论以何种职务入直文渊阁，最后都能获得殿阁大学士的头衔，并逐渐形成了各级官员先加殿阁大学士头衔再入阁的情况。
这个开头一开之后，如果不能以殿阁大学士衔如何官职散阶，则是会被百官视为异常。
这个头在当时看来没有什么，但由内阁阁臣的权力和职责却走向了巅峰，最后在弘治八年更是出现了阁臣人选也要廷推的现象。
廷推，这是明代选任大臣的主要方式，在弘治八年之前，廷推并不适用于阁臣。
这件事情的起因是因为内阁缺员，所以明孝宗朱佑樘下令仿照廷推其他大臣的方式来廷推阁臣，于是吏部会同六部、都察院、通政司、大理寺和科道官推举了六名大臣，最终皇帝选中了李东阳和谢迁二人入阁。
由于廷推是由吏部会同九卿、科道共同推举，推举出的往往是一些威望素著的大臣，所以明代的士大夫十分看重廷推，认为只有经过廷推得到的职务才是合理合法的。
曾经由皇帝直接指派阁臣的特简方式在他们看来都是弊端，没有一点优点。
因此自从弘治八年的这个头开了以后，由皇帝中旨任命或由内阁推用都会导致很多的议论，往往受皇帝特简指派的官员都不去上任，很多人以不由吏部而经皇帝指派才得到职务感到耻辱。
长久下来以后，皇帝也就丧失了直接指派阁臣而被百官信任的权力，被直接指派的官员往往都会被同僚歧视排挤，皇帝直接失去了一张可以直接打的牌。
尽管这样的内阁制度避免了独裁之臣出现的几率，选任制度相对来说比较公开，但皇权却没有之前那么大了。
加上廷推的存在需要拉票，因此这样的制度逐渐演变成朋党的倾轧的摇篮
阁臣想握权，一方面得交结内监，另方面则又要倾轧同列的大学士，遂演成朋党之祸。
如严嵩任首辅，威权极崇，但却为阁僚徐阶所倾倒。
张居正任首辅，也因内结司礼监冯保方能遂意，结成朋党，方可行使权力，但在革弊振衰时，仍不免受言官攻击，被指责为揽权专断的权臣，甚至祸发身后，被夺爵抄家。
明代朋党倾轧激烈，实与内阁制度名实不符的矛盾看密切关系，让阁臣不得不成为一个善舞长袖的人游走各党派之间。
这样的制度很难选上有能力的人，像孙传庭、金铉这样的人，如果不是朱由检大力支持，估计一辈子都很难坐上阁臣之位，因此朱慈燃对内阁的改制就是职权分明。
自九月初一开始，内阁与六部被剥分，内阁大学士被永定为七人，分别是中极殿大学士洪承畴、文渊阁大学士金铉、武英殿大学士孙传庭、建极殿大学士李长庚、东阁大学士周延儒、文楼大学士温体仁、武楼大学士杨文岳。
六部尚